Vis dažniau specialistai prabyla, kad Lietuvoje netolygiai vystoma alternatyvios energijos gamyba, nepakankamai analizuojamas realus su tuo susijęs energijos poreikis, o pagal Ūkio ministerijos nustatytus vertinimo kriterijus ES struktūrinių fondų parama skiriama projektams, kurie realiai atneša naudą tik tam tikros siauros srities verslininkams, o visuomenės poreikiai ir bendra visuomenės nauda alternatyvios energetikos srityje ignoruojami. Atidžiau nagrinėjant Ūkio ministro patvirtintą “Atsinaujinančių energijos išteklių panaudojimas energijos gamybai” projektų finansavimo sąlygų aprašą pastebėta, kad patvirtintame projektų finansavimo apraše įtvirtintos išimtys biodujų gamintojams yra neobjektyvios ir nepagrįstos.
Biodujos - tai specifinis produktas, kuris išgaunamas iš organinės (tiek žmogaus, tiek gyvūninės) kilmės atliekų. Susidarantys biodujų kiekiai (kiaulidėse, skerdyklose, sąvartynuose ir pan.) santykinai nėra dideli, energetiniu požiūriu visos Lietuvos atžvilgiu jie nėra naudingi, todėl neturi būti finansuojami prioriteto tvarka. Gamintojas, vystantis gyvulininkystės kompleksus tikrai neplės gyvulių skaičiaus vien dėl didesnio išgaunamų biodujų kiekio, nes tai nėra jo pagrindinė veikla. Pabrėžtina, kad biodujų išgavimas yra daugiau susijęs su susidariusių atliekų tvarkymu (aplinkos kokybės gerinimu), o ne su energijos gamyba bei vartojimo efektyvumo bei atsinaujinančių energijos išteklių vartojimo didinimu. Biokuras – atvirkščiai – tai alternatyva importuojamam iškastiniam kurui. Biokuro naudojimas Lietuvos energetikos sistemoje galėtų ženkliai mažinti iškastinio kuro sunaudojimą, taip pat mažintų šilumos, elektros energijos gamybos savikainą.
Tai, kad Ūkio ministerijos patvirtintas projektų finansavimo aprašas bei jo metodikos nėra tinkamai paruoštos taip pat liudija ir tai, kad pagal jame nustatytą metodiką prioritetinį finansavimą šiuo metu gauna tik biodujų gamintojai. Daugelyje šalių iš viso negalima pradėti verslo (gamybos), jei yra teršiama aplinka. Tai yra verslininko, o ne visuomenės atsakomybė, susiskaičiuoti su verslo organizavimu susijusius kaštus ir organizuoti verslą taip, kad nenukentėtų aplinka. Deja, šiuo metu galiojantis projektų finansavimo aprašas skatina verslus, kurie teršia aplinką, nes susidariusių atliekų sutvarkymas yra organizuojamas ne verslininko rizika, o ES struktūrinių fondų paramos pinigais. Akivaizdu, kad tokia praktika yra ydinga, nes ES struktūrinė parama privalo pirmiausia tenkinti viešuosius interesus, o ne atskirus verslo interesus. Tikimasi, kad Ūkio ministras peržiūrės šiuo metu patvirtintą projektų finansavimo tvarką ir ją pataisys taip, kad skirstoma ES paramos dalis bus naudojama ne siauriems verslo interesams tenkinti, o plačiam visuomenės ratui aktualių problemų sprendimui – pigesnio (alternatyvaus) kuro panaudojimas energijos gamybai, infrastruktūros pritaikymas, jos plėtojimas ir pan. Taip pat rimtai svarstytina, ar projektų energetikos srityje finansavimo klausimai neturėtų būti perduoti Energetikos ministerijai.